Viren gehören morphologisch mit zu den kleinsten Vertretern der Mikroorganismen und können ebenso wie Bakterien und Pilze zahlreiche Pflanzenkrankheiten hervorrufen. Die Pflanzen reagieren dann oft mit Vergilbungen oder mosaikartigen Aufhellungen der Blätter sowie Wuchsdepressionen. Weitere Symptomausprägungen können ringfleckenartige, linien- oder bandförmige Blattmusterungen sowie Blattkräuselungen, Aufbeulungen und Verformungen sein. Im Verlauf  der Infektion kann es auch zum lokalen Gewebetod (Nekrosen) und Absterben der ganzen Pflanze kommen. Die Symptomausprägung ist je nach Wirt-Viruskombination, Resistenzeigenschaften der Sorte, Virusstamm, Infektionsstadium und Umwelteinflüssen unterschiedlich. Alle Pflanzenorgane können von Symptomen betroffen sein. Es gibt aber auch Virusinfektionen, die latent (ohne erkennbare Symptome) verlaufen.

Neben den Viren gibt es die Viroide (diesen fehlt die Proteinhülle der Viren), welche ähnliche Symptome verursachen können. Aufgrund ihrer geringen Größe können beide Schaderregergruppen nur aufwändig mit Elektronen­mikros­kopen sichtbar gemacht werden, weshalb in der Routinediagnose meist mit biochemischen oder molekularbiologischen Methoden ein schnellerer und kostengünstigerer, aber  indirekter Nachweis gelingt (ELISA-Test, PCR). Traditionsgemäß gehören zum Sachgebiet Virologie im LTZ auch noch die Phytoplasmen (Beispiel Apfeltriebsucht), die zwar eigentlich zur Domäne der Bakterien gehören, teilweise aber virusähnliche Symptome hervorrufen. Durch induzierte Hormonstörungen zeigen die Pflanzen oft charakteristische Veränderungen wie vorzeitige Austriebe, Stauchungen, Verformung von Pflanzenorganen und Gewebeumwandlungen. Diese Schaderreger werden in der Regel mit der PCR nachgewiesen.