Neben tierischen Schaderregern treten im Obstbau auch verschiedene Krankheiten auf, die je nach Art Blätter, Blüten, holzige Pflanzenteile und Früchte befallen. Große wirtschaftliche Bedeutung haben z.B.  der Apfelschorf bei anfälligen Apfelsorten und die Kirschfruchtfliege bei vielen Süßkirschensorten. Der Einsatz unterschiedlichen Prognoseverfahren und die Verwendung spezifischer Pflanzenschutzmittel ermöglichen eine gezielte Bekämpfung der Schaderreger.

Zum Thema invasive Schaderreger im Obst- und Weinbau koordiniert das LTZ Augustenberg ein dreijähriges, grenzüberschreitendes Projekt.