Auch unter den Wirbeltieren gibt es zahlreiche Arten, die als Pflanzenschädlinge auftreten können. Vögel können bei Aussaaten sowie an Früchten beträchtliche Schäden verursachen, da sie jedoch nicht ausschließlich als Schädlinge an Kulturpflanzen auftreten und eine große ökologische Bedeutung haben, sind direkte Bekämpfungsmaßnahmen nicht zulässig.
Um Schäden abzuwehren können sie vergrämt und abgeschreckt werden und die Pflanzen durch verschiedene Maßnahmen vor Fraß geschützt werden.
Unter den Säugetieren tritt der Maulwurf (Talpa europaea) gelegentlich lästig oder sogar schädigend auf. Dieser ist jedoch streng geschützt und darf allenfalls vergrämt oder (nur mit Genehmigung!) lebend gefangen und umgesiedelt werden.
Lokal haben auch Schäden durch Biber (Castor fiber), Bisamratte (Ondatra zibethicus) oder Nutria (Myocastor coypus) Bedeutung.
Die größten Schäden in landwirtschaftlichen und gartenbaulichen Kulturen gehen jedoch auf Wühlmäuse zurück. Sowohl Scher- als auch Feldmäuse ernähren sich von Kulturpflanzen und werden aufgrund der beträchtlichen Schäden und des enormen Vermehrungspotentials mit Fallen, Giftködern und weiteren Maßnahmen bejagt.