In der Futtermittelmikrobiologie werden am LTZ vier Themenschwerpunkte bearbeitet.

Über Keimzählungen wird der Besatz an Bakterien, Hefen, Schimmel- und Schwärzepilzen bestimmt. Hierbei wird zwischen feldbürtigen, produkttypischen und Verderb anzeigenden Indikatorkeimen unterschieden und beurteilt, ob ein Futtermittel der (handels-) üblichen Unverdorbenheit entspricht oder besser aus dem Verkehr gezogen werden sollte. Die Untersuchung kann im Einzelfall auch weitere wichtige Hinweise zum Zustand des Futtermittels liefern, etwa in Hinblick auf mögliche Mykotoxinbelastungen.

Fäkalindikatoren, Krankheitserreger oder sogar seuchenhygienisch relevante Keime wie Salmonellen, Clostridien oder Escherichia coli werden häufig im Zusammenhang mit Problemen im Tierbestand untersucht und dienen der Futtermittelsicherheit und der Tiergesundheit. Im Rahmen der amtlichen Futtermittelüberwachung sind Probenahmen zur qualitativen Untersuchung auf Salmonellen vorgesehen. Dabei ist sicherzustellen, dass eine Kontamination des beprobten Futtermittels mit Salmonellen über die Probenahme auszuschließen ist. Wichtige Hinweise finden Sie in dem Dokument "Sterile Probenahme bei Futtermitteln für die qualitative Salmonellenuntersuchung".

Im mikrobiologischen Antibiotika-Screening werden Proben mit illegal oder unbeabsichtigt eingesetzten antibiotischen Leistungsförderern aufgedeckt. Mit verschiedenen Techniken (Agardiffusionstest, Hochspannungselektrophorese, Dünnschichtchromatographie, etc.) werden dabei die vorhandenen Wirkstoffe qualitativ erfasst und identifiziert, sowie mithilfe quantitativer Verfahren (HPLC, etc.) bestätigt.

Mischfuttermittel enthalten vielfach auch definierte Probiotika-Kulturen wie Lebendhefen, Sporenpräparate, Milchsäurebakterien, etc., die der Leistungsförderung und Gesunderhaltung von Nutztieren dienen. Die ausgelobten Deklarationen werden mittels Keimzählungen kontrolliert.