Güllen, Gärreste aus Biogasanlagen, Komposte und andere Bioabfälle, die als organische Düngemittel genutzt werden sollen, müssen bestimmte seuchenhygienische Kriterien erfüllen, damit von den so gedüngten Kulturpflanzen keine Gesundheitsgefährdung im landwirtschaftlichen Betrieb und in der Lebensmittelkette ausgeht. Die damit verbundenen Fragestellungen reichen fallweise bis in den Grundwasserschutz hinein. Zur fachlichen Beurteilung des mikrobiologischen Status werden dabei Untersuchungen auf Salmonellen, intestinale Enterokokken, Escherichia coli und/oder Clostridien herangezogen. Eine typische Fragestellung kann dabei beispielsweise sein, ob ein Gärrest durch die verfahrenstechnischen Gegebenheiten im Biogasreaktor oder im Endlager ausreichend hygienisiert wird und inwieweit nachwachsende Rohstoffe als Inputmaterial geeignet sind.

Für die Untersuchungen wichtig ist dabei eine fachgerechte Probenahme im Vorfeld.