Eines der wichtigsten Qualitätsmerkmale von Saatgut ist die Sortenechtheit, von der bereits Nobbe, der Begründer der Saatgutprüfung, schreibt: „Die erste Forderung an einen für bestimmte Culturzwecke erkauften, überhaupt keimfähigen Samenposten ist die: dass die Samen wirklich das seien, was wir anzubauen beabsichtigen“. Hierfür, nämlich die Nachprüfung von Art und Sorte einer Partie, sind heute in den ISTA-Vorschriften die methodischen Vorschriften angegeben.

Bereits bei der Reinheitsuntersuchung wird eine Trennung der reinen Samen nach Art und Sorte vorgenommen, soweit dies auf Grund leicht erkennbarer Samenmerkmale möglich ist. Besteht diese Möglichkeit nicht, so wird die Echtheit einer Saatgutprobe in Bezug auf Art, Unterart und Sorte mit Hilfe spezieller Labor- oder Anbauversuche bestimmt. Für eine ganze Reihe von landwirtschaftlich oder gartenbaulich wichtigen Arten sind Methoden für die Echtheitsbestimmung vorhanden. Hierbei kann zum Beispiel das Verhalten gegenüber fluoreszierendem Licht eine Differenzierung zwischen Deutschem und Welschem Weidelgras oder Rot-/Schafschwingel ermöglichen.

Darüber hinaus ermöglichen Elektrophorese-Verfahren (Isoelektrische Fokussierung) die Sortenechtheit von Getreide, Weidelgras, Erbsen und anderen Arten mittels ihrer Speicherproteine zu überprüfen.